Directadmin面板较新版本已支持let's encrypt免费SSL证书。
系统要求：centos 6或以上
Directadmin版本：1.50.1以上

1：在directadmin.conf文件中开启SNI支持，并开启letsencrypt参数。

vi /usr/local/directadmin/conf/directadmin.conf

添加如下内容：
enable_ssl_sni=1
letsencrypt=1

2：重启Directadmin面板生效。

service directadmin restart

3：执行以下多句命令进行安装模块。

echo "action=directadmin&value=restart" >> /usr/local/directadmin/data/task.queue; /usr/local/directadmin/dataskq d2000
cd /usr/local/directadmin/custombuild
./build rewrite_confs
./build update
./build letsencrypt

完成后，就已经支持了let's encrypt免费证书了。
效果如下图。